Разработал систему теленастроек при целевой связи пилотируемого аппарата с центром управления полетами, а также принимал участие в подготовке и осуществлении вывода первого искусственного спутника Земли на орбиту. Отвечал за расчет траектории полета космического корабля «Восток», пилотируемого Ю.А. Гагариным. Игорь Марианович создал систему координирования пилотируемого экипажа в заданном месте.

Ю. Кондратюк дал схему полета, по которой космический корабль будет вращаться вокруг Луны, и там от него будет отделяться аппарат, совершающий спуск на поверхность Луны, а после выполнения программы аппарат пристыкуется к космическому кораблю на окололунной орбите.